Historia Kolumbii dzieli się na trzy główne okresy:
- Okres prekolumbijski
- Okres kolonialny
- Okres republikański
Okres prekolumbijski trwał aż do przybycia hiszpańskich kolonizatorów, czyli do około 1500 roku. Tereny dzisiejszej Kolumbii były zamieszkane już 20 tysięcy lat temu. Wśród najważniejszych kultur prekolumbijskich wyróżnia się: kulturę San Agustín na południu kraju, kulturę Tairona w rejonie Santa Marty, kulturę Sinú w okolicach Kartageny oraz najbardziej rozwiniętą – kulturę Muiscas, zamieszkującą okolice dzisiejszej Bogoty.
Okres kolonialny rozpoczął się wraz z odkryciem Nowego Świata przez Hiszpanów. Na początku XVI wieku powstają pierwsze miasta: Santa Marta w 1525 roku, Cartagena w 1533, a Bogota w 1538. Hiszpańskie kolonie podlegały bezpośrednio królowi Hiszpanii, który sprawował nad nimi władzę absolutną.
Terytoria te zostały podzielone na dwa wicekrólestwa (Vireinatos): Vireinato de Nueva España, obejmujące Amerykę Centralną i Północną aż po granice Kanady, oraz Vireinato del Perú, obejmujące znaczną część Ameryki Południowej (z wyłączeniem Brazylii).
W 1717 roku utworzono Vireinato de Nueva Granada, obejmujące dzisiejszą Kolumbię, Wenezuelę, Ekwador i Panamę, a w 1776 roku powstało Vireinato del Río de la Plata, obejmujące Argentynę, Urugwaj, Paragwaj i Boliwię.
Na czele każdego wicekrólestwa stał wicekról (Virrey), który sprawował władzę w imieniu króla. Najwyższe urzędy mogli piastować wyłącznie Hiszpanie urodzeni w Europie. Ich potomkowie, Kreole (urodzeni już w koloniach), nie mieli dostępu do najwyższych stanowisk. W kolonialnej hierarchii społecznej niżej od Kreoli znajdowali się Metysi, następnie rdzenni mieszkańcy Ameryki, a na samym dole – afrykańscy niewolnicy.
Z czasem Kreole zaczęli buntować się przeciwko dyskryminacji i nakładanym przez koronę podatkom. W 1808 roku Napoleon Bonaparte zajął Hiszpanię i usunął z tronu króla Ferdynanda VII, co Kreole wykorzystali jako okazję do walki o niepodległość.
Od 1810 roku rozpoczęły się działania zbrojne. 20 lipca 1810 roku w Bogocie ogłoszono niepodległość. Walki trwały aż do 1824 roku. Kluczowym momentem była bitwa pod Boyacá w sierpniu 1819 roku, kiedy to wojska Simóna Bolívara pokonały siły rojalistów, a na wyzwolonych terenach powstała Republika Wielkiej Kolumbii, obejmująca dzisiejsze Kolumbię, Wenezuelę, Ekwador i Panamę.
W ten sposób rozpoczął się okres republikański. W 1831 roku Wenezuela i Ekwador oddzieliły się, tworząc własne państwa.
Okres republikański w XIX wieku w Kolumbii to czas niemal nieprzerwanych wojen domowych. Ich główną przyczyną był konflikt między Partią Konserwatywną a Partią Liberalną – zwolennikami i przeciwnikami niewolnictwa, państwa centralistycznego lub federalnego, a także stronnikami zachowania bądź odebrania przywilejów Kościołowi Katolickiemu.
Najbardziej krwawym konfliktem była Wojna Tysiąca Dni, która wybuchła na przełomie XIX i XX wieku (1899–1902). Jej dramatyczną konsekwencją było oderwanie się Panamy od Kolumbii.
Od początku istnienia niepodległego państwa władzę sprawowali na przemian liberałowie i konserwatyści. W okresie rządów liberałów, między 1863 a 1886 rokiem, państwo funkcjonowało pod nazwą Stany Zjednoczone Kolumbii. Następnie, aż do 1930 roku, dominowali konserwatyści, by później oddać władzę liberałom, którzy rządzili do 1946 roku.
W 1948 roku miało miejsce wydarzenie, które dramatycznie wpłynęło na historię kraju – zamordowano Jorge Eliécera Gaitána, liberalnego kandydata na prezydenta. Jego śmierć wywołała gwałtowne zamieszki w Bogocie – tłumy podpalały kościoły, pałace biskupie oraz budynki administracji publicznej.
Rozpoczął się wówczas okres znany jako La Violencia – “Wielka Przemoc”.
W 1953 roku doszło do zamachu stanu, w wyniku którego władzę przejął generał Gustavo Rojas Pinilla, rządząc jako dyktator przez cztery lata. Jego rządy zakończyły się w wyniku porozumienia zawartego między partiami konserwatystów i liberałów – tzw. Frente Nacional.
Zgodnie z jego zasadami, przez kolejne 16 lat partie miały sprawować władzę naprzemiennie, zmieniając się co cztery lata.
Jednakże ekstremistyczne odłamy obu partii nie zaakceptowały tego układu i utworzyły własne bojówki. Lewicowe grupy wywodzące się z Partii Liberalnej zaczęły ewoluować w kierunku partyzantek komunistycznych, takich jak FARC, ELN i Ruch 19 Kwietnia (M-19). Z kolei prawicowe bojówki konserwatystów utworzyły oddziały samoobrony.
W wyniku brutalnej walki między partyzantką, bojówkami paramilitarnymi i armią kolumbijską miliony Kolumbijczyków zostały zmuszone do opuszczenia swoich domów (tzw. desplazados), tracąc cały dobytek i osiedlając się w innych częściach kraju.
W latach 70. i 80. XX wieku konflikt zaostrzył się jeszcze bardziej, gdy do walki o kontrolę nad terytorium i gospodarką dołączyły potężne kartele narkotykowe, takie jak kartel z Medellín pod przywództwem Pablo Escobara oraz kartel z Cali.Sytuacja pozostawała dramatyczna aż do końca XX wieku. Jednak w XXI wieku proces pokojowy zaczął przynosić efekty.
W 2006 roku rząd prezydenta Álvaro Uribe podpisał porozumienie rozbrojeniowe z paramilitarnymi grupami AUC (Autodefensas Unidas de Colombia), a w 2016 roku rząd Juana Manuela Santosa zawarł historyczne porozumienie pokojowe z partyzantką FARC.
Dzięki tym działaniom wiele regionów Kolumbii stało się bezpiecznych i otwartych na turystów.
